Su kaimyninių valstybių sienos apsaugos tarnybomis:

- su Baltarusijos Respublikos pasienio tarnybos įstaigomis
Siekiant operatyviai spręsti klausimus, susijusius su valstybės sienos teisinio režimo užtikrinimu, ir sureguliuoti pasienio incidentus, pagal Lietuvos Respublikos ir Baltarusijos Respublikos 2009 m. rugsėjo 16 d. sutartį dėl Lietuvos ir Baltarusijos valstybės sienos teisinio režimo abejose šalyse įsteigta valstybės sienos įgaliotinių institucija. Praktinį bendradarbiavimą centriniu lygiu organizuoja ir įgyvendina VSAT ir Baltarusijos Respublikos valstybinis pasienio komitetas, regioniniu lygiu – VSAT rinktinės ir Baltarusijos Respublikos pasienio tarnybos įstaigų pasienio grupės ir pasienio būriai.

- su Lenkijos Respublikos sienos apsauga
Siekiant įgyvendinti užduotis, susijusias su bendra valstybės siena, pagal Lietuvos Respublikos ir Lenkijos Respublikos 1996 m. kovo 5 d. sutartį dėl bendros valstybės sienos, su ja susijusių teisinių santykių, taip pat dėl bendradarbiavimo ir abipusės pagalbos šioje srityje  įsteigta sienos įgaliotinių institucija. Praktinį bendradarbiavimą centriniu lygiu organizuoja ir įgyvendina VSAT ir Lenkijos Respublikos sienos apsauga, regioniniu lygiu – VSAT ir Lenkijos Respublikos sienos apsaugos rinktinės.

VSAT ir Lenkijos Respublikos sienos apsaugos pareigūnai kartu dirba 2002 m. kovą atidarytame Budzisko kontaktiniame punkte, kuriame, naudodamiesi savo šalies duomenų bazėmis, turi galimybę keistis informacija vietoje.

- su Latvijos Respublikos valstybine sienos apsauga
Vadovaujantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės ir Latvijos Respublikos Vyriausybės 2002 m. kovo 1 d. susitarimu dėl valstybės sienos įgaliotinių veiklos kiekvienoje valstybėje paskirti valstybės sienos įgaliotiniai. Be to, siekiant plėtoti abipusiai naudingą bendradarbiavimą 2000 m. balandžio 28 d. pasirašytas Pasienio policijos departamento prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos (nuo 2001 m. – VSAT) ir Latvijos Respublikos valstybinės sienos apsaugos tarnybos bendradarbiavimo protokolas. Praktinis bendradarbiavimas centriniu lygiu paprastai organizuojamas ir įgyvendinamas Baltijos Ministrų Tarybos Vidaus reikalų vyresniųjų pareigūnų komiteto Sienos apsaugos pakomitečio veiklos kontekste, regioniniu lygiu – VSAT rinktinių ir Latvijos Respublikos valstybinės sienos apsaugos valdybų lygiu, taip pat Baltijos jūros regiono valstybių sienos apsaugos tarnybų bendradarbiavimo (BSRBCC) priemonių kontekste.

VSAT ir Latvijos Respublikos valstybinės sienos apsaugos pareigūnai kartu dirba 2006 m. birželio 7 d. įsteigtame kontaktiniame punkte, kuriame, naudodamiesi savo šalies duomenų bazėmis, turi galimybę keistis informacija vietoje.

- su Rusijos Federacijos federalinės saugumo tarnybos pasienio įstaigomis
Praktinį bendradarbiavimą centriniu lygiu pagal bendradarbiavimo vystymo priemonių planą organizuoja ir įgyvendina VSAT ir Rusijos Federacijos  federalinės saugumo tarnybos Pasienio tarnyba, regioniniu lygiu – VSAT rinktinės ir  Rusijos Federacijos  federalinės saugumo tarnybos Kaliningrado srities pasienio įstaigos.

Įsigaliojus Lietuvos Respublikos Vyriausybės ir Rusijos Federacijos Vyriausybės 2011 m. rugpjūčio 16 d. susitarimui dėl valstybės sienos įgaliotinių veiklos kiekvienoje valstybėje bus paskirti valstybės sienos įgaliotiniai.

Su kitų ES valstybių narių ir trečiųjų valstybių sienos apsaugos tarnybomis bendradarbiavimo priemonės rengiamos pagal poreikį.

Su ES valstybių sienos apsaugos tarnybomis:

- su Suomijos sienos apsaugos tarnyba
Bendradarbiavimo pagrindas - Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos ir Suomijos Respublikos pasienio apsaugos tarnybos bendradarbiavimo protokolas – 2002 m. lapkričio 29 d.
1999-2000 m. kartu su Suomijos pasieniečiais įvykdytas pareigūnų mokymo projektas “Dvyniai” (Twinning), kurio metu Lietuvos pasieniečiams buvo suteikata informacija apie Europos sąjungos ir Šengeno teisyną. 2000-2002 m. VSAT kartu su kitomis institucijomis dalyvavo panašiame Lietuvos ir Suomijos vidaus reikalų ministerijų “Dvynių” projekte.

- su Švedijos pakrančių apsauga
Bendradarbiavimo pagrindas - Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos ir Švedijos Karalystės pakrančių apsaugos bendradarbiavimo susitarimas – 2001 m. birželio 14 d. Su Švedijos pakrančių apsauga praktinį bendradarbiavimą vykdo VSAT Pakrančių apsaugos rinktinė. Nacionalinis jūros sienos apsaugos koordinavimo centras (NJSAKC) sistemingai keičiasi aktualia informacija su Švedijos NJSAKC.

- su Vokietijos federaline policija
Bendradarbiavimo pagrindas – 2007 m. gruodžio 10 d. pasirašytas Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos ir Vokietijos federalinės policijos ketinimų protokolas. Eilę metų kasmet rengiami ir įgyvendinami bendrų priemonių planai. Dvišalis bendradarbiavimas vyksta vidaus audito, kovos su dokumentų klastojimu, kovos su nelegalia migracija srityse, keičiamasi pasienio tikrinimą vykdančiais pareigūnais. Nuosekliai bendradarbiaujama su Vokietijos federalinės policijos ryšio pareigūno, reziduojančio Vilniuje, biuru.

Su kitų valstybių sienos apsaugos tarnybomis:

- su Azerbaidžano Respublikos valstybės sienos apsaugos tarnyba
Bendradarbiavimo pagrindas – 2007 m. rugsėjo 26 d. pasirašytas Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos ir Azerbaidžano Respublikos valstybės sienos apsaugos tarnybos susitarimas dėl bendradarbiavimo sienos apsaugos srityje.

- su Gruzijos pasienio policija
Bendradarbiavimo pagrindas – 2006 m. spalio 2 d. pasirašytas Gruzijos pasienio policijos ir Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos bendradarbiavimo deklaracija.

- su Moldovos sienos apsaugos tarnyba
Bendradarbiavimo pagrindas – 2007 m. spalio 19 d. pasirašytas Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos ir Moldovos Respublikos pasienio tarnybos bendradarbiavimo protokolas.