1992 m. buvo įkurta Atskiroji aviacijos tarnyba prie Vidaus reikalų ministerijos. Tais pačiais metais iš aviakompanijos „Lietuvos avialinijos“ tarnybai perduoti du sraigtasparniai „Ka-26“.

1994 m. iš „Lietuvos avialinijų“ nupirktas trečiasis sraigtasparnis „Ka-26“ su sudvejintu valdymu.

2000 m. Atskiroji aviacijos tarnyba reorganizuota į Pasienio policijos departamento Aviacijos tarnybą, o po metų įsigytas lėktuvas „Cessna 172 RG“.

2002 m. Pasienio policijos departamento Aviacijos tarnyba pertvarkyta į VSAT Štabo Aviacijos eskadrilę.

Tais pačiais metais įsigytas pirmasis modernus sraigtasparnis „Eurocopter EC120B Colibri“.

2003 m. buvo užbaigta ekspoatuoti sraigtasparnius „Ka-26“ ir įsigytas antrasis sraigtasparnis „Eurocopter EC120B Colibri“.

Už Šengeno priemonės programos lėšas 2006 m. pabaigoje nupirkti du sraigtasparniai „EC 135“ ir vienas sraigtasparnis „EC 145“ su specialia stebėjimo įranga.

2007 m. VSAT Aviacijos eskadrilė reorganizuota į atskirą juridinį vienetą – Valstybės sienos apsaugos tarnybos Aviacijos rinktinę.

Rinktinė įsikūrė 2007 m. pastatytoje naujoje modernioje bazėje Trakų rajono Paluknio kaime.

Pasienyje su Rusija ir Baltarusija prie išorinių Šengeno erdvės sienų Aviacijos rinktinė imasi aktyvių priemonių iš oro užkardydama sienos pažeidimus bei kitus nusikalstamus, plintančius per valstybės sieną.

2007 m. Aviacijos rinktinėje įkurta mokymo organizacija ir rinktinės reikmėms pradėti rengti sraigtasparnių pilotai.

Aviacijos rinktinė aktyviai bendradarbiauja su Vidaus reikalų ministerijos įstaigomis (Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo bei Policijos departamentais) ir kitomis organizacijomis.

Nuo 2008 metu Aviacijos rinktinė pradėjo aktyviai dalyvauti Europos Sąjungos išorės sienų valdymo agentūros “Frontex” organizuojamose tarptautinėse operacijose Graikijoje kovojant su nelegalia migracija.